En abril de 2008, se anunció que todos los actores del elenco original (excepto
Kaya Scodelario y
Lisa Backwell) serían sustituidos para la tercera temporada. El creador de la serie,
Jamie Brittain afirmó que los nuevos personajes serían bastante diferentes a los originales, pero mantendrían algunas similitudes. El nuevo elenco fue revelado a través de vídeos en internet el
19 de diciembre de
2008. La grabación de la tercera temporada comenzó el
23 de julio de
2008 y se estrenó el
22 de enero de
2009 en
E4.
El primer episodio se encarga de presentar a cada uno de los nuevos personajes. El capitulo comienza con Freddie, un joven skater fanático de los porros, en su skate, camino al instituto a encontrarse con sus mejores amigos: Cook, un desinhibido muchacho dedicado solamente al alcohol y al sexo casual, y el inocente JJ. Pero sus particulares vidas darán un giro al verse envueltos en un choque donde conoceran a Effy, la queen-bee de la primera generación de Skins, hermana menor de Tony Stonem. Con el transcurrir del primer episodio, el trío de muchachos descubren que asistirán al mismo instituto al que está inscrita Effy, junto con su mejor amiga Pandora, una rubia chica con descabelladas ideas y la ternura hecha persona. Durante el episodio también conoceremos a las gemelas Fitch, Katie, una controladora muchacha con aires de alcanzar la popularidad, y Emily una retraída chica que trata de ocultar su gusto por las mujeres, mejor dicho, por una sola mujer: Naomi, una inteligente e histriónica chica que tuvo un encuentro amoroso hace un tiempo atrás con Emily, quienes tambien formaran parte del instituto donde se desarrolla la trama. Effy al darse cuenta del interés de los tres amigos por ella, les entrega una lista con retos que deberán superar durante el día en el instituto, en donde se incluían consumir drogas, alcohol, causar un incendio, y tener sexo entre otras. Cook es quien gana el reto, solo faltandole una cosa por cumplir: el sexo, y será Effy quien le hará cumplir en su totalidad el desafío.
El segundo capitulo se basa en Cook (Jack O'Connell). Los chicos asisten a la fiesta de la hija de un gángster de la ciudad. La chica le promete sexo a Cook, si este le conseguía drogas. Finalmente Cook y los demás chicos terminan arruinando la fiesta causando un gran desastre. El Gángster promete matar a Cook, pero éste parece no prestar importancia. Cook lleva a JJ a un prostíbulo para que pierda su virginidad y en una de las habitaciones se encuentra con el famoso gángster, y abusa de que el hombre esta amarrado, y juega con él, maltratandolo por un rato, desafiando al que podría ser su fin.
El tercer episodio trata de Thomas (Merveille Lukeba), un noble inmigrante del Congo, que llega a Bristol en busca de una vida mejor, con mas oportunidades. En el transcurso del capitulo conoce a Pandora, de la cual se enamora perdidamente, y ésta de él, comenzando una fugaz relación. El departamento que ocupa ilegalmente Thomas, le pertenece al mismo gángster que Cook desafió y humilló anteriormente. Thomas lo reta a un 'combate' de quien puede comer mas ajíes. El ganador sorprendentemente es Thomas, quien tendrá el privilegio de quedarse con el departamente, y el gángster deberá dejar en paz a sus nuevos amigos. Los chicos organizan una fiesta para celebrar el triunfo, pero de pronto la madre de Thomas llega del Congo junto a sus hermanos, y al ver en que se habia convertido su hijo decide llevarselo de vuelta.
El cuarto episodio le corresponde a Pandora (Lisa Backwell), quien esta organizando un pijama-party, para ella, Effy, y sus nuevas amigas, sin embargo, el concepto de fiesta de sus amigas no es el mismo que el de Pandora. Las chicas desordenaran los planes de Pandora, causando la molestia de ésta. La pequeña fiesta se sale de control y llegan todos los amigos y amigos del novio de Katie a la fiesta, causando un gran alboroto. Finalmente Pandora se resigna y sale del baño en el que estuvo escondido todo el día, se encuentra con Cook, y despues de una conversación sobre la virginidad de Pandora, Cook y ella tienen relaciones, sabiendo que el es el novio de Effy. Ésta se da cuenta y le reclama a Pandora, pero en ese momento regresa Thomas desde el Congo, causando una gran confusión en Pandora. Además en este capitulo se ve la separación de los padres de Effy, el inicio del romance de Emily y Naomi, y que Effy comienza a sentir cosas por Freddie, aunque ni ella lo sepa.
El quinto episodio se basa en Freddie (Luke Pasqualino), sus problemas en el entorno familiar, y su incontrolable amor por Effy. Ademas se presenta la historia de su hermana mayor, Karen (Klariza Clayton), una joven quien sueña con convertirse en una Sexxbomb a través de un concurso, sueño que se verá truncado por los juegos de Cook. Freddie y Effy estan cada vez mas cerca, sin embargo, Effy tiene miedo a enamorarse y de no poder controlar su mente como lo ha hecho toda su vida, y prefiere huír de lo que siente por Freddie, aferrandose a Cook. La amistad entre Cook, Freddie y JJ cuelga de un delgado hilo, solo por una mujer: Effy.
El sexto episodio pertenece a Naomi (Lily Loveless), quien presentará una lista para competir por la presidencia del centro del alumnado, sin embargo, Cook es desafiado por Naomi, quien le dice que el jamás podria presentar una lista. Cook acepta el desafío, y si logra establecer su lista y ganar, Naomi deberá tener sexo con él. Después de una ardua competencia, en donde Naomi encontró el apoyo incondicional de Emily, se declara a Naomi como la vencedora, sin embargo, ésta se da cuenta que la votación fue arreglada y que realmente ganó Cook, dejando al descubierto el boicot de la dirección y dejando a Cook como el vencedor, quien pronto reclamaría su premio. Naomi y Emily se acercan cada vez mas durante el transcurso del capitulo, y Naomi por fin asume su atracción por ella, comenzando una linda relación.
El septimo episodio le corresponde a JJ (Ollie Barbieri), quien se siente perdido y confundido en medio de su particular trastorno o autismo leve. Siente que sus amigos ya no son los mismos de antes, y todo tiene relación directa con Effy. Cada uno por su lado, sin preocuparse del otro, secretos y mas secretos los rodean. Sin embargo, descubrirá en Emily, la compañia y amistad que nunca pensó encontrar. Ambos comparten sus problemas, verdades, etc. Finalmente, Emily decide que es hora de que JJ pierda su virginidad si quiere ser un chico normal, y ella esta dispuesta a hacerlo si es necesario. JJ acepta pero todo prometiendo que todo quedará en un pacto de amistad. Katie y Freddie inician una relación.
El octavo episodio lo protagoniza Effy (Kaya Scodelario). Katie y Freds organizan una especie de fiesta para los amigos, pero ésta será en un campamento. Estan todos invitados, a excepción de Cook, quien ya no es bienvenido por ninguno en el grupo. Mientras viajan se encuentran con un grupo de cazadores que terminan asustandolos, amenzando con matarlos, estos huyen pero son seguidos por los cazadores, finalmente todo resulta ser una broma y dejan en paz a los chicos. Al llegar Effy encuentra unos hongos que provocan alucinaciones, los lleva con el grupo para animar la fiesta. Katie parece molesta al ver como su idea de 'fiesta ideal' se transformaba en la fiesta de Effy. Todos estan drogados disfrutando de la fiesta, menos Katie. De pronto, aparece Cook quien se habría enterado de la fiesta por Anthea, la madre de Effy. Todos rechazan a Cook y le dicen que se largue, pero éste no se irá sin desenmascarar a todos. Cook confiesa que se ha estado acostando con Pandora frente a todos, Thomas ya lo sabía y se aleja, Panda lo sigue. Cook se larga. Katie nota que hay algo especial entre Freddie y Effy. De un momento a otro se encuentra con Effy entremedio del bosque, quien se encontraba drogada. Katie comienza a golpearla e insultarla, sin embargo, Effy la golpea con una piedra y la deja inconciente y la abandona. Effy se encuentra con Freddie y tienen sexo entre medio del bosque. Al otro dia nadie encontraba a Katie. Effy tiene miedo de que lo que pudo haberle hecho. Finalmente al ser encontrada y trasladada al hospital, Katie cuenta lo ocurrido. Todos le dan la espalda a Effy, y esta no haya mas refugio que en Cook, el otro rechazado.
El noveno episodio se centra en las gemelas, Emily (Kathryn Prescott) & Katie (Megan Prescott). Se acerca la fiesta de fin de año, y Katie se esta recuperando después del golpe que sufrió en la cabeza, pero todo parece ir bien, incluso ya tiene todo preparado para ir con Freddie a la fiesta. Emily quiere ir con Naomi, sin embargo, ésta no sabe si esta dispuesta a asumir su homosexualidad frente a todo el colegio, por lo que causa problemas entre ambas. Katie se entera que Emily y JJ tuvieron sexo, y decide contarle a Naomi, para que esta se aleje para siempre de su hermana y deje de causarle dolores de cabeza a su familia, principalmente a su madre. Naomi se desiluciona de Emily, empeorando drasticamente la relación. Katie planea todo para ella ir con Freddie, y su hermana con JJ. Emily sin opción alguna acepta. LLega la fiesta y todo parece tal y como lo había planeado Katie, pero la llegada de Naomi cambiará todo, ya que está decidida a no perder a Emily y Katie pelean duramente al frente de todos, al saberse que la última le contó lo de JJ a su novia, hasta que finalmente Emily le pide que por favor la acepte y que la deje ser feliz con Naomi, porque ella no puede ser su sombra para toda la vida. Katie entiende y deja que su hermana escoja su camino. Emily y Naomi caminan de la mano y por fin viven libremente su amor.
El decimo y último episodio de la temporada se centra en Effy, Cook, Freddie y JJ. Cook y Effy se encuentran en un pueblo cercano a Bristol, allí éste se reencuentra con su padre despues de muchos años. Freddie y JJ se encuentran en Bristol, y deciden ir en busca de Effy y Cook. Al llegar se encuentran los 4 chicos y deciden competir en una carrera y si Cook pierde deberá entregar el bote en donde vive su padre. Finalmente la carrera la pierde por lo que el padre de Cook perdería su hogar. Cook se da cuenta que su padre no lo quiere realmente, ya que éste intenta quemarle la cara al perder, pero Freddie llega en el momento preciso para salvarlo. Effy y Freddie vuelven a tener relaciones, parece que el amor ya no puede seguir ocultandose. Finalmente los 4 chicos deciden huir y romper la deuda, tiran al mar al padre de Cook, y los chicos van camino a Bristol en el bote.
